На базе института функционируют :

 Лаборатории:
   1. Лаборатория эпидемиологии
   2. Лаборатория зооантропонозных инфекций
   3. Лаборатория вирусных гепатитов 232-90-68, virhep-pasteur.nii@rambler.ru
   4. Лаборатория кишечных инфекций 232-48-83, Ф 232-92-17, pasteur@LK14290.spb.edu
   5. Лаборатория бактериальных капельных инфекций - 
   6. Лаборатория этиологии и контроля вирусных инфекций 233-21-56, poliospb@nr3854.spb.edu
   7. Лаборатория иммунологии 232-84-76, ф 233-44-62, laborimmun@rambler.ru,
   8. Лаборатория молекулярной микробиологии 233-21-49, olganarvskaya@pasteurorg.ru
   9. Лаборатория детских вирусных инфекций 232-94-11, 8(921) 341-05-01
  10. Лаборатория биопрепаратов 233-17-03, 313-69-88, Ф 325-27-10, 313-69-89,  pasteurdnt@yandex.ru, www.dntpasteur.ru
  11. Лаборатория экологической микробиологии 232-81-22, Т/Ф 232-39-95, ecovirgroup@yandex.ru

Отделы:
   1. Отдел новых технологий 233-17-03, 313-69-88, Ф 325-27-10, 313-69-89,  pasteurdnt@yandex.ru, www.dntpasteur.ru
   2. Отдел научной медицинской информации

Центры института:
   1. Медицинский центр института имени Пастера  237-07-48,www. pasterclinic.ru
   2. Северо-западный региональный центр по риккетсиозам
   3. Северо-западный региональный центр по сальмонеллезам
   4. Региональный центр по эпиднадзору за полиомиелитом и острыми вялыми параличами -
   5. Северо-западный региональный центр по эпиднадзору за вирусными гепатитами 232-90-68  virhep.pasteur-nii@rambler.ru
   6. Северо-западный окружной центр по профилактике и борьбе со СПИДом -